一是确定基金支出规模。按照以收定支，量力而行，风险可控的原则，以筹资总额的90%作为大病药品目录谈判金额上限，剩余部分作为大病药品目录风险准备金。与药品生产企业（或供应商）建立风险共担机制，企业和市级医保经办机构对超出药品年度支出预算总额的部分实行按比例分担。
二是确定目录申报范围。以治疗肿瘤（包括血液病）靶向药和化疗药，治疗高致残性的特效药以及治疗罕见病的特效药（孤儿药），且基本医疗保险目录内无同类替代药品为大病药品目录申报范围（不含辅助用药）。由专家组根据产品通用名相同或主要治疗疾病相同或主要适应症相同的原则，对申报药品进行分组，对无法按照上述原则分组的药品统归为其他疾病组。
三是确定基金支付上限。为兼顾各类参保人群权益，合理分配基金。在药品分组的基础上确定各组药品的基金支出上限，并通过药品谈判的评分原则，共同确定进入目录的药品种类。评分规则以临床疗效、药品安全、质量层次、降价幅度、个人负担、药品供应为主要内容。
